Jupyter Notebook でポチポチ入力しながら読んでる続き。
a-sue.hatenablog.com
前回のはその後 anaconda の updateを何度か繰り返してたらコンプリートした。
a-sue.hatenablog.com
C:\WINDOWS\system32>conda update --prefix "C:\Program Files\Anaconda3" anaconda
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
# All requested packages already installed.
C:\WINDOWS\system32>
ここからが本題。
第12章で statsmodels.formula.api を使うのだけど、謎のエラーが出る。
model = smf.ols(formula='tip ~ total_bill', data=tips)
---------------------------------------------------------------------------
AssertionError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-6-a9177a705d62> in <module>()
----> 1 model = smf.ols(formula='tip ~ total_bill', data=tips)
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\statsmodels\base\model.py in from_formula(cls, formula, data, subset, *args, **kwargs)
145 (endog, exog), missing_idx = handle_formula_data(data, None, formula,
146 depth=eval_env,
--> 147 missing=missing)
148 kwargs.update({'missing_idx': missing_idx,
149 'missing': missing})
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\statsmodels\formula\formulatools.py in handle_formula_data(Y, X, formula, depth, missing)
63 if data_util._is_using_pandas(Y, None):
64 result = dmatrices(formula, Y, depth, return_type='dataframe',
---> 65 NA_action=na_action)
66 else:
67 result = dmatrices(formula, Y, depth, return_type='dataframe',
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\highlevel.py in dmatrices(formula_like, data, eval_env, NA_action, return_type)
308 eval_env = EvalEnvironment.capture(eval_env, reference=1)
309 (lhs, rhs) = _do_highlevel_design(formula_like, data, eval_env,
--> 310 NA_action, return_type)
311 if lhs.shape[1] == 0:
312 raise PatsyError("model is missing required outcome variables")
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\highlevel.py in _do_highlevel_design(formula_like, data, eval_env, NA_action, return_type)
163 return iter([data])
164 design_infos = _try_incr_builders(formula_like, data_iter_maker, eval_env,
--> 165 NA_action)
166 if design_infos is not None:
167 return build_design_matrices(design_infos, data,
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\highlevel.py in _try_incr_builders(formula_like, data_iter_maker, eval_env, NA_action)
60 "ascii-only, or else upgrade to Python 3.")
61 if isinstance(formula_like, str):
---> 62 formula_like = ModelDesc.from_formula(formula_like)
63 # fallthrough
64 if isinstance(formula_like, ModelDesc):
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\desc.py in from_formula(cls, tree_or_string)
162 tree = tree_or_string
163 else:
--> 164 tree = parse_formula(tree_or_string)
165 value = Evaluator().eval(tree, require_evalexpr=False)
166 assert isinstance(value, cls)
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\parse_formula.py in parse_formula(code, extra_operators)
146 tree = infix_parse(_tokenize_formula(code, operator_strings),
147 operators,
--> 148 _atomic_token_types)
149 if not isinstance(tree, ParseNode) or tree.type != "~":
150 tree = ParseNode("~", None, [tree], tree.origin)
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\infix_parser.py in infix_parse(tokens, operators, atomic_types, trace)
208
209 want_noun = True
--> 210 for token in token_source:
211 if c.trace:
212 print("Reading next token (want_noun=%r)" % (want_noun,))
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\parse_formula.py in _tokenize_formula(code, operator_strings)
92 else:
93 it.push_back((pytype, token_string, origin))
---> 94 yield _read_python_expr(it, end_tokens)
95
96 def test__tokenize_formula():
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\parse_formula.py in _read_python_expr(it, end_tokens)
42 origins = []
43 bracket_level = 0
---> 44 for pytype, token_string, origin in it:
45 assert bracket_level >= 0
46 if bracket_level == 0 and token_string in end_tokens:
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\util.py in next(self)
319 else:
320 # May raise StopIteration
--> 321 return six.advance_iterator(self._it)
322 __next__ = next
323
C:\Program Files\Anaconda3\lib\site-packages\patsy\tokens.py in python_tokenize(code)
33 break
34 origin = Origin(code, start, end)
---> 35 assert pytype not in (tokenize.NL, tokenize.NEWLINE)
36 if pytype == tokenize.ERRORTOKEN:
37 raise PatsyError("error tokenizing input "
AssertionError:
最初に疑ったのチルダ。
自分が入力してる画面に表示されるのと、テキストのが一致しないし、ウェブでは "~" が "?" になってたりするのがよくあるから。
そのへんのキーワードでググってみても見つからない。
最後の何も語らない AssertionError: がいやらしいなぁと思って
statsmodels python ols formula AssertionError
でググってみたらヒットしたのがここ
github.com
Python のバージョンは違うけど、出てるスタックトレースが全く同じ。
これか！ってことでチェックすると
import patsy
patsy.__version__
'0.4.1'
ビンゴ？
おなじみの手順で
C:\WINDOWS\system32>conda update --prefix "C:\Program Files\Anaconda3" patsy
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: C:\Program Files\Anaconda3
added / updated specs:
- patsy
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
patsy-0.5.1 | py36_0 380 KB
------------------------------------------------------------
Total: 380 KB
The following packages will be UPDATED:
patsy pkgs/free::patsy-0.4.1-py36_0 --> pkgs/main::patsy-0.5.1-py36_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
patsy-0.5.1 | 380 KB | ############################################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
C:\WINDOWS\system32>
よし、これで行けた。
と思ったがリロードしても変わらない。
import importlib
importlib.reload(patsy)
patsy.__version__
'0.4.1'
こいつも更新したが変わらない。
C:\WINDOWS\system32>conda update --prefix "C:\Program Files\Anaconda3" statsmodels
Collecting package metadata: done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: C:\Program Files\Anaconda3
added / updated specs:
- statsmodels
The following packages will be UPDATED:
statsmodels pkgs/free::statsmodels-0.6.1-np111py3~ --> pkgs/main::statsmodels-0.9.0-py36h452e1ab_0
Proceed ([y]/n)? y
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
C:\WINDOWS\system32>
ってか、上の方でやって anaconda が取り込んでるモジュールはすべてアップグレードされてたんじゃないの?
結局 Jupyter を再起動したら更新されたモジュールが読み込まれました。
import patsy
patsy.__version__
'0.5.1'
問題の文でもエラーが出なくなってめでたしめでたし。
model = smf.ols(formula='tip ~ total_bill', data=tips)
